Fakulta biomedicínského inženýrství (FBMI) je druhou nejmladší fakultou Českého vysokého učení technického v Praze. Vznikla v roce 2005 a to transformací Ústavu biomedicínského inženýrství. Její historie se píše od roku 1996, kdy bylo na ČVUT v Praze založeno Centrum biomedicínského inženýrství (CBMI) s cílem vytvořit na ČVUT ústřední koordinační pracoviště výzkumných i výukových aktivit v oboru biomedicínského inženýrství. Úkoly CBMI ČVUT byly orientovány především na výzkumnou oblast a díky vhodné struktuře profesionálního zaměření jeho pracovníků, kteří svými odbornostmi obsáhli velkou část biomedicínského inženýrství, bylo možné řešit široce zaměřené vědecko-výzkumné projekty. V roce 2002 byly CBMI připraveny podklady pro zavedení 3letého bakalářského studijního programu „Biomedicínská a klinická technika“ a CBMI bylo transformováno na vysokoškolský ústav – Ústav biomedicínského inženýrství (ÚBMI) ČVUT. První ředitelkou ústavu po jeho založení se stala prof. Ing. Svatava Konvičková, CSc., koordinátorka Výzkumného záměru ČVUT „Transdisciplinární výzkum v oblasti biomedicínského inženýrství“, do kterého spadala a dosud spadá většina vědecko-výzkumných aktivit Ústavu (nyní Fakulty).
V roce 2003 byl akreditován bakalářský studijní program „Biomedicínská a klinická technika“ a v akademickém roce 2003/04 byla zahájena výuka.
Na základě rozhodnutí Akademického senátu ČVUT ze dne 15. 12. 2004 a souhlasného stanoviska Akreditační komise MŠMT ČR vznikla Fakulta biomedicínského inženýrství, která byla zaregistrována změnou Statutu ČVUT v Praze na MŠMT ČR dne 27. května 2005.
V akademickém roce 2005/2006 ukončilo studium v bakalářském programu 48 posluchačů. Většina z nich se rozhodla pro pokračování ve stejnojmenném navazujícím magisterském programu, který byl akreditován začátkem roku 2006. Výuka v tomto dvouoborovém programu se nabízí ve dvou studijních oborech „Přístroje a metody pro biomedicínu“ nebo „Systémová integrace procesů ve zdravotnictví“.
První z nich je určen především přípravě inženýrů pro výzkumnou a vývojovou činnost, zatímco druhý nabízí přípravu inženýrů pro manažerské pozice se znalostí techniky ve zdravotnictví. Výuka je projektově orientována a uskutečňována v moderně vybavených laboratořích. V současné době studuje na FBMI cca 560 studentů v bakalářském, magisterském a doktorském studiu.
Ve shodě s „Dlouhodobým záměrem vzdělávací, vědecké, výzkumné, vývojové, umělecké a další tvůrčí činnosti ČVUT“ byl akreditován v roce 2006 doktorský studijní program „Biomedicínská a klinická technika“ a výuka v tomto programu byla zahájena v březnu 2007. V témže roce získala fakulta souhlasné stanovisko MZd ČR a reakreditaci bakalářského zdravotnického oboru Biomedicínský technik podle Zákona č. 96/2004 Sb. a to jak pro prezenční, tak i kombinovanou formu studia. V září 2008 na svém zasedání schválila Akreditační komise MŠMT ČR návrh na akreditaci dalšího bakalářského zdravotnického studijního oboru Optika a optometrie podle Zákona č. 96/2004 Sb. Zahájení výuky v tomto posledním oboru se uskuteční v akademickém roce 2009/10.
V červnu 2009 byla rozšířena akreditace studijního programu Biomedicínská a klinická technika a studijní obor Biomedicínská informatika. V témže období byl akreditován studijní program Specializace ve zdravotnictví a v rámci tohoto programu dva zdravotnické nelékařské studijní obory podle Zákona č. 96/2004 Sb. Fyzioterapie a Radiologický asistent. V současné době se připravuje akreditace nebo probíhá řízení nových studijních programů a oborů jako Nanotechnologie pro biomedicínu (rozšíření bakalářského studijního programu Biomedicínská a klinická technika a navazujícího magisterského studijního programu Biomedicínská a klinická technika), kombinovaná forma oboru Systémová integrace procesů ve zdravotnictví (navazující magisterský studijní program Biomedicínská a klinická technika), Ochrana obyvatelstva, (nový studijní program s magisterským oborem Civilní nouzové plánování ).